24. Škola MS 2023 - den 1

Škola hmotnostní spektrometrie je odborná vzdělávací akce pořádaná od roku 1986, která vedle zajímavých přednášek a kurzů nabízí i nespočet příležitostí k přátelským setkáním a diskusím. Letošní ročník se bude držet tradičního schématu s programem, který zahrnuje krátké kurzy, odborné přednášky, plakátová sdělení i volné středeční odpoledne pro relaxaci a poznávání okolí. V letošním roce si připomínáme 100 let od narození Vladimíra Hanuše, jednoho ze zakladatelů české a československé hmotnostní spektrometrie. Předání Ceny Vladimíra Hanuše za nejlepší publikovanou práci v oboru hmotnostní spektrometrie bude proto předcházet vzpomínková přednáška na tohoto mimořádného člověka a vědce. V programu Školy nebude chybět sekce „Mládí vpřed!“ věnovaná prezentacím mladých výzkumníků. V neděli a pondělí proběhnou krátké kurzy zaměřené na:

• interpretaci spekter EI

• základy ICP-MS

• základy proteomiky

• řešení problémů v LC-MS

• vyhodnocování dat v proteomice

• hmotnostní spektrometrii bioléčiv

• 💾 On-line: Program 24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie

• 💾 PDF: Program 24. ročník Školy hmotnostní spektrometrie

• 💾 PDF: Abstrakty přednášek v sekci Mládí vpřed a plakátových sdělení

NEDĚLE (Krátké kurzy)

11:00 - 14:00 REGISTRACE ÚČASTNÍKŮ KURZŮ

12:00 - 14:00 OBĚD

14:00 - 15:45 KURZ A - Interpretace spekter EI (Miroslav Polášek)

• Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter
• Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci
• Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace různých tříd organických sloučenin, které bude probíhat v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků

SSJMM: KURZ A - Interpretace spekter EI (Miroslav Polášek)

14:00 - 15:45 KURZ B - Základy ICP-MS (Tomáš Pluháček)

Hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem (ICP-MS) je bezpochyby nejrozšířenější metodou prvkové analýzy, která našla uplatnění nejen ve většině vědních oborů, ale i rutinní analytické praxi. První část kurzu bude zaměřena na historii, teoretické základy ICP-MS, popis současné instrumentace a interferencí. Dále na možnosti spojení s analytickými technikami, kde ICP-MS slouží jako citlivý prvkově/izotopově specifický detektor. Druhá část bude věnována praktickým ukázkám přípravy vzorků (roztoková analýza, přímá analýza vzorků pevného skupenství, speciační analýza apod.), strategii vývoje a validací ICP-MS metod a v neposlední řadě přístupům k vyhodnocení a interpretaci výsledků. Součástí bude i ukázka rutinního využití ICP-MS pro analýzu prvkových nečistot dle lékopisných požadavků (kontrolní laboratoř R-lab).

14:00 - 15:45 KURZ C - Základy proteomiky (Karel Harant)

Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut.

15:45 - 16:15 PŘESTÁVKA NA KÁVU

16:15 - 18:00 KURZ A - Interpretace spekter EI

• Miroslav Polášek

16:15 - 18:00 KURZ B - Základy ICP-MS

• Tomáš Pluháček

16:15 - 18:00 KURZ C - Základy proteomiky (Alena Křenková)

Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat.

17:00 - 18:00 REGISTRACE ÚČASTNÍKŮ KURZŮ

18:00 - 20:00 Večeře - raut

20:00 - 21:00 Kde ta pravda ve víně je?

• Aleš Svatoš

21:00 - ??? Společenský večer firmy Bruker: Hmotníkáři sobě

SSJMM: Společenský večer firmy Bruker: Hmotníkáři sobě

PONDĚLÍ (Krátké kurzy)

8:00 - 8:30 REGISTRACE ÚČASTNÍKŮ KURZŮ

8:30 - 10:15 KURZ A - Interpretace spekter EI

• Miroslav Polášek

8:30 - 10:15 KURZ D - Řešení problémů v LC-MS (Roman Grabic)

Kurz bude zaměřen na řešení problémů s LC/MS a LC/HRMS, se kterými se setkáváme při instalaci přístrojů, vývoji metod, rutinním provozu a haváriích. Přednášky jsou souborem zkušeností uživatele GC/LC/MS za 30 let analýzy širokého rozsahu nízkomolekulárních analytů na stopové úrovni v komplexních matricích. Od popisu a řešení problémů spojených s přístrojovým vybavením se dostaneme k metodám jako celku (chromatografie vs. MS, předúprava vzorků, interference ze slepých pokusů, interference z matrice) a dále k neméně důležité části zpracování dat. Součástí kurzu bude i kapitola, jak problémům předcházet (na základě vlastních těžce získaných zkušeností) nebo minimalizovat jejich dopad.

SSJMM: Řešení problémů v LC-MS (Roman Grabic)

8:30 - 10:15 KURZ E – Pokročilé vyhodnocování dat v proteomice (David Potěšil, Kristína Gömöryová)

V tomto kurzu se zaměříme na analýzu dat v prostředí R, s využitím knihovny DEP (Differential Enrichment analysis of Proteomics data). Podobně jako v Základech proteomiky 2 si ukážeme základní kroky procesování (transformace, filtrování, normalizace, imputace, statistické vyhodnocení) a naučíme se, jak data vizualizovat a vytvářet reprodukovatelné a interaktivní reporty. Kromě DEP knihovny budou ve zkratce představeny i další balíčky (např. QFeatures), umožňující pokročilou analýzu MS dat. V poslední části kurzu se budeme věnovat nástrojům, které umožňují biologickou interpretaci získaných výsledků (např. STRING, REACTOME, gprofiler2). Ke kurzu budou k dispozici modelová data, na kterých si analýzu vyzkoušíme.

10:15 - 10:45 PŘESTÁVKA NA KÁVU

10:45 - 12:30 KURZ A - Interpretace spekter EI

• Miroslav Polášek

10:45 - 12:30 KURZ D - Řešení problémů v LC-MS

• Roman Grabic

10:45 - 12:30 KURZ F – Bioléčiva pohledem hmotníkáře (Martin Hubálek, Juraj Lenčo)

Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli hmotnostní spektrometrie. Uvedeme posluchače do problematiky bioléčiv, kterými jsou v tomto pohledu peptidy, proteiny, monoklonální protilátky nebo oligonukleotidy. Z pohledu analytika se zaměříme především na protilátková léčiva, podíváme se na možnosti jejich separace a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie, a to na úrovni intaktních proteinových molekul, protilátkových podjednotek nebo peptidů.

SSJMM: KURZ F - Bioléčiva (Juraj Lenčo)

12:00 - 14:00 OBĚD

SSJMM: Partneři 24. Školy hmotnostní spektrometrie 2023

PONDĚLÍ (Hlavní program)

11:00 - 13:30 PŘÍJEZD ÚČASTNÍKŮ, REGISTRACE

12:00 - 13:30 OBĚD

13:30 - 13:50 Zahájení 24. Školy hmotnostní spektrometrie

• Josef Cvačka, Jan Preisler

SSJMM: Zahájení 24. Školy hmotnostní spektrometrie (Josef Cvačka)

SEKCE I. TRENDY A NOVINKY V HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRII

• Předsedající: Josef Cvačka

13:50 - 14:35 Next-Generation LC-MS: How Electron Ionization is Changing the Game

• Achille Cappiello (University of Urbino)

Achille Cappiello je profesorem analytické chemie na univerzitě v Urbinu v Itálii, kde působí od roku 1987. Koncem osmdesátých let absolvoval postdoktorskou stáž na Massachusettském technologickém institutu u profesora Klause Biemanna. Po návratu na Urbinskou universitu založil a vedl laboratoř, která se stala centrem pro vývoj nových metod a technik v oblasti LC-MS. Prof. Cappiello se dlouhodobě věnuje spojení kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie. Zabývá se vývojem instrumentace, zejména LC-MS s využitím elektronové ionizace. Mezi jeho vědecké zájmy dále patří vývoj LC-MS metod, příprava mikro- a nano-HPLC kolon a metody úpravy vzorků. Spolupracuje s významnými výrobci přístrojů, je autorem několika patentů. Organizuje konference a doktorandské školy pro studenty v oboru chromatografie a hmotnostní spektrometrie, zajímá se o podporu mezinárodních výměn a spolupráce. Je členem redakční rady časopisu Mass Spectrometry Reviews.

SSJMM: Next-Generation LC-MS: How Electron Ionization is Changing the Game (Achille Cappiello (University of Urbino))

14:35 - 15:20 Atmospheric pressure SMALDI mass spectrometry imaging for the life sciences (virtuální přednáška)

• Bernhard Spengler (Justus Liebig University Giessen)

Bernhard Spengler is Professor of Analytical Chemistry at Justus Liebig University of Giessen, Germany. He has contributed to the development of MALDI in the 1980´s, developed the Postsource Decay technique and in 1994 introduced the MALDI Imaging method. He and his group work in the field of mass spectrometry imaging for many yeras and in several fields of atmospheric-pressure in-situ MS technique. He received several awards, including the Fresenius Award of the Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh) in 2017.

15:20 - 16:05 Současný stav a novinky v hmotnostní spektrometrii

• Michal Holčapek

PŘESTÁVKA NA KÁVU

SEKCE II. CENA VLADIMÍRA HANUŠE

• Sponzorem je společnost Bruker
• Předsedající: Josef Cvačka

16:35 - 17:05 Vladimír Hanuš: 100 let od narození

• Miroslav Polášek

17:05 - 17:20 Vyhlášení ceny Vladimíra Hanuše

• Jan Preisler

SSJMM: Přednáška laureáta ceny Vladimíra Hanuše v roce 2023 (Zdeněk Kukačka)

17:20 - 17:50 Přednáška laureáta ceny

• Vítěz Ceny Vladimíra Hanuše

17:50 - 18:10 Firemní přednáška Bruker

• Přednášející - Bruker

18:10 - 18:40 Unikátní technologie hmotnostních spektrometrů SCIEX

• František Laštovička, Tomáš Korba – AMEDIS Praha

19:15 - 20:30 Večeře - raut

20:30 - ??? Společenský večer firmy AMEDIS: DJ MicroHead a AMEDIS Team

SSJMM: 24. Škola MS 2023 - den 1