Agilent G3835AA MassHunter Mass Profiler Professional Software - Quick Start Guide

Význam tématu

Masová spektrometrie se stala klíčovým nástrojem v oblasti analytické chemie pro rozbor komplexních vzorků, jako jsou metabolomika, proteomika či environmentální analýzy. Software Agilent Mass Profiler Professional (MPP) umožňuje plně využít bohatství informací z MS dat a poskytuje integrovanou platformu pro statistickou analýzu, vizualizaci i následnou identifikaci a anotaci sloučenin.

Cíle a přehled studie / článku

Tento Quick Start Guide představuje první kroky práci s MPP ve verzi 14.9, zahrnující instalaci, aktivaci licence, registraci uživatele a základní orientaci v uživatelském rozhraní. Představuje rovněž klíčové novinky a přizpůsobení softwaru pro zpracování dat z různých MS platforem a přehled dostupných výukových materiálů a dokumentace.

Použitá metodika a instrumentace

MPP podporuje import a zpracování dat z GC/MS, LC/MS, CE/MS a ICP-MS. Klíčové kroky zahrnují:

• Skupinové filtrování a zarovnání dat (alignment)
• Normalizace (logaritmické transformace, škálování) a baseline correction
• Statistické testy (ANOVA, t-testy, Shapiro-Wilk, D’Agostino Pearson)
• Multivariační analýzy (PCA, SOM, hierarchické shlukování, QT clustering)
• Výpočet fold change a tvorba volcano grafů
• Automatické modely predikce tříd (pět metod class prediction)

Software se integruje s MassHunter Workstation, Spectrum Mill, ChemStation i GeneSpring GX a umožňuje rozšiřitelnost prostřednictvím R-skriptů.

Hlavní výsledky a diskuse

Verze 14.9 přináší zlepšenou podporu CEF souborů z MassHunter Unknown Analysis a možnost použití již logaritmicky transformovaných dat při zakládání Generic MPP experimentu. Vylepšení analýzy Vennových diagramů nyní umožňují křížové porovnání více experimentů, inspekci párování entit a podporu více než čtyř datových sad. Nově jsou k dispozici testy normality pro vhodný výběr následných statistik a rozšířená podpora vlastních R-skriptů pro normalizaci a korelační analýzy.

Přínosy a praktické využití metody

MPP poskytuje komplexní řešení pro:

• Metabolomické a proteomické studie s integrovanou analýzou drah
• Objevování a ověřování biomarkerů v TOF/Q-TOF a QQQ MS
• Analýzy potravin, nápojů, vůní a přírodních produktů
• Rychlou klasifikaci neznámých vzorků v rutinní praxi
• Integrovanou biologii kombinující MS data a microarray/transkriptomiku

Budoucí trendy a možnosti využití

Směřování vývoje zahrnuje hlubší integraci multi-omics přístupů, nasazení strojového učení pro automatizovanou interpretaci vzorků, cloudové platformy pro společnou práci a rozšiřitelnost o nové analytické metody a rozsáhlé datové sety. Podpora uživatelských R-skriptů otevírá cestu k vlastním přizpůsobeným režimům analýzy.

Závěr

Agilent Mass Profiler Professional 14.9 představuje robustní a flexibilní platformu pro chemometrickou analýzu MS dat, která zrychluje objevování biologických souvislostí, zlepšuje spolehlivost výsledků a umožňuje snadnou spolupráci napříč laboratořemi a výzkumnými týmy.

Reference

• BioCyc Pathway/Genome Databases, Bioinformatics Research Group at SRI International®. Dostupné z: http://www.biocyc.org/
• Keseler IM, et al. “EcoCyc: fusing model organism databases with systems biology.” Nucleic Acids Research. 2011;39:D583–D590.
• Caspi R, et al. “The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases.” Nucleic Acids Research. 2012;40:D742–D753.
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Kanehisa Laboratories. Dostupné z: http://www.genome.jp/kegg/