Check your RNA quality with excellent speed and accuracy on Lunatic

Význam tématu

Čistota a přesné stanovení koncentrace RNA hraje zásadní roli v biotechnologických i diagnostických postupech – od přípravy RNA-LNP nosičů až po citlivé metody jako qRT-PCR nebo RNA-seq. Nedostatečná čistota vede k nespecifickým výsledkům, inhibici enzymatických reakcí a snížené reprodukovatelnosti analýz.

Cíle a přehled studie

Cílem prezentované aplikace bylo ověřit výkonnost systému Lunatic se spektrofotometrickou Unmix algoritmikou pro rychlé, vysoce přesné stanovení čistoty a koncentrace RNA za přítomnosti kontaminantů (DNA, proteiny) v širokém dynamickém rozsahu.

Použitá metodika a instrumentace

Analýza vychází z klasické UV/Vis detekce absorbance při 260 nm a 280 nm, doplněné proprietární Unmix algoritmikou, která dekonvoluuje spektra RNA od absorpce kontaminujících látek. Instrumentace:

• Lunatic UV/Vis systém s mikrofluidními obvody
• Vysokopropustné (High Lunatic) 96pozicové mikrofluidní destičky (2 µl vzorku, doba měření 10 min)
• Softwarová aplikace "RNA (Any source)" pro separaci signálů RNA, DNA, proteinů a rozpouštědel

Hlavní výsledky a diskuse

1) Preciznost a opakovatelnost měření čisté RNA (6 replikátů): CV < 1 %, téměř dokonalé překrývání spekter.
2) Dekonvoluce DNA kontaminace: správné stanovování skutečné koncentrace RNA při 5–40 % DNA s R2 = 0,9925 lineárního regresního modelu.
3) Široký rozsah koncentrací (62,5–1000 ng/µl) s udržovanou přesností (70 ± 2 % podíl RNA v celkových nukleových kyselinách).
4) Rozlišení proteinu (BSA) přidaného v 10–50 % obj. díky schopnosti algoritmu odfiltrovat 280nm absorpci proteinů.

Přínosy a praktické využití metody

• Kratší čas přípravy a analýzy oproti barvivovým nebo fluorescenčním metodám
• Minimální objem vzorku (2 µl) a vysokopropustné 96pozicové prostory pro rutinní QC provozy
• Bez nutnosti přípravy kalibračních křivek nebo dalších činidel
• Okamžitá detekce a kvantifikace kontaminantů

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se rozšíření použití ve výrobě RNA vakcín a genové terapie, integrace do plně automatizovaných linek pro přípravu LNPs, vývoj pokročilejších Unmix aplikací pro vícekomponentní dekonvoluce (např. polysacharidy, fenoly) a napojení na laboratorní informační systémy (LIMS).

Závěr

Systém Lunatic s Unmix algoritmikou představuje výrazný posun v oblasti rychlé a spolehlivé kontroly kvality RNA. Umožňuje plnohodnotné stanovení koncentrace a čistoty i v přítomnosti DNA či proteinových kontaminantů bez složité přípravy vzorků a s vysokou kapacitou analýz.

Použitá instrumentace

• Lunatic UV/Vis spektrofotometr (Unchained Labs)
• High Lunatic 96pozicové mikrofluidní destičky
• Měření v rozsahu 0,03–275 OD (1,2–11 000 ng/µl RNA)

Reference

1. Chomczynski P., Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal. Biochem. 162, 156–159 (1987).